Hubungan Babur dengan Sultan - sultan Ottoman pada awalnya sangat buruk, kerena Sultan Ottoman Selim I menyuplai musuh bebuyutan Babur Ubaydullah Khan dengan Senjata Api dan Meriam. Pada tahun 1507, saat diperintahkan untuk tunduk kepada kekuasaan Selim, Babur menolak, dan mengumpulkan bala tentara Qizilbash untuk menghadang pasukan Ubyadullah Khan di pertempuran Ghazdewan. Khawatir Babur akan berkoalisi dengan Safawiyah, Selim I berdamai dengan Babur pada tahun 1513. Slim mengirim Ustad Ali Quli sang ahli artilery dan Mustafa Rumi si jago tembak dan banyak tentara Ottoman untuk membantu Babur dalam penaklukannya.

Pada tahun 1495, saat Babur berusia 12 tahun, dia mewarisi takhta ayahnya sebagi penguasa Ferghana. Tetapi, posisinya terancam karena paman dan saudaranya juga menginginkan takhta tersebut. Akibatnya Babur terpaksa hidup tanpa tempat tinggal, dibantu pengawal setianya. Pada tahun 1497, dia mengepung kota Samarkand selama 7 bulan, sebelum akhirnya berhasil merebut Samarkand. Sementara itu, satu pemberontakan berhasil merebut Ferghana dari tangan Babur. Saat dia bergegas untuk merebutnya kembali, pasukannya melakukan desersi di Samarkand, membuat Babur kehilangan dua - duanya.

Lalu pada tahun 1501, Babur mengepung kota Samarkand untuk kedua kalinya, tapi kali ini dia dikalahkan oleh Muhammad Shaybani, rivalnya sang khan suku Uzbek. Dia pun kabur bersama segerombolan kecil pengikutnya dari Ferghana. 3 tahun selanjutnya Babur berkonsentrasi membangun pasukan yang kuat, merekrut banyak dari suku Tajik. Pada tahun 1504, Babur berhasil melewati pegunungan Hindu Kush yang bersalju dan merebut Kabul dari suku Arghun. Dengan ini, Babur berhasil mendapatkan kerajaan baru yang kaya dan menimbun kembali kekayaannya, juga mengambil title "Padshah".